深度烘焙咖啡是健康的，只要是“手法适当且熟练”的深烘焙豆，就可以很大程度避免焦化物质对人体的影响。深烘焙的咖啡豆同时降解了比较多的葫芦巴碱，生成较多的烟碱酸（俗称维生素B3），对人体也是有益的成分。

近年来科学家也发现，咖啡还含有其他多种会刺激胃酸分泌的化学物质，研究过程中还意外找到一种活性物质ＮＭＰ（N-methylpyridium），可阻断胃部细胞产生盐酸的能力，降低胃部不适。