鲜榨的西瓜汁如果用密封的瓶子装好，能放在冰箱过夜，一般能保存两天；如果没有密封就放进冰箱，可以保存四到五小时。冰箱里面虽然低温，但细菌很多，因此，建议鲜榨果汁不要长时间存放在冰箱里。

因为西瓜富含葡萄糖、果糖、蔗糖、水分等多种营养物质，为细菌的新陈代谢及生长繁殖提供了必备的原料和足够的能量；再加上夏季高温，又为细菌繁殖提供了适宜的温度与环境。存放在普通环境下的西瓜，其口感和外观都会有很大改变，一些营养物质在高温条件下也会被破坏，如西瓜中的维生素C，高温及阳光都会使其流失；而如果放在冰箱等低温环境内，则会减缓营养物质的释放率，如西瓜中的番茄素和胡萝卜素等。