自制柠檬蜂蜜的保存时间因环境不同而不同，例如密封后放在冰箱中最长可保存3个月，而在常温下则只能保存1～2周左右，最短时保存3到4天便可能发生变质，因此要延长蜂蜜腌柠檬的保质期最好放在冰箱的冷藏室中保存。蜂蜜腌柠檬的保存时间因容器不同而不同，但注意这里说的主要是容器的密封性能，一般而言容器的密封性能越好则保质期越长，反之则蜂蜜腌柠檬的保质期相对也越短，因此蜂蜜腌柠檬最好选用能完全密封的容器保存。