本草纲目曾用《证类本草》作以引用，以病原为纲罗列主治药名及主要功效，相当于一部临证用药手册。卷内5-52为各论，收药1892种，附图1109种。而且本草纲目曾被《物种起源》引用来说明动物的人工选择问题。

《本草纲目》是具有代表性的巨著。明代大文豪王世贞在《本草纲目》的序言中曾赞誉：“兹岂仅以医书觏哉！实性理之精微，格物之通典，帝王之秘箓，臣民之重宝也。”