生物进化的实质是种群基因频率的改变，而不是定向改变，只要种群基因频率改变了，自然选择决定生物进化的方向，从而使基因频率定向改变，但是生物进化方向未必都是自然选择。

基因频率（genefrequency）是指在一个种群基因库中，某个基因占全部等位基因数的比率。群体中某一特定基因的频率可以从基因型频率（genotypefrequency）来推算。如人们熟悉的人的MN血型，它是由一对共显性等位基因M和N所决定，产生3种基因型M/M、M/N和N/N，而相应的表型是M、MN和N，而且比例是1/4M、1/2MN和1/4N。这个原理可以推广到一般群体内婚配，如以群体中MN表型（基因型）的具体样本数被所观察到总数相除即可得到（转换）相对频率数。