两者的区别是垂管单位为中央和省级直管部门，也称“垂直管理部门”、“一条编单位”，是国家适应社会发展与进步客观要求，深入开展政治体制改革的产物。除此之外单位即是非垂管单位。

目前在政府垂直管理系统中，一般的既包括行政单位，又包括各级行政单位的直属事业单位，还包括各事业单位举办的企业实体。从会计核算的角度来看，政府垂直管理系统既有行政单位会计，又有事业单位会计，还有企业会计。这就导致政府垂直管理系统既有地域宽广、分支众多的特点，又有业务复杂、管理难的特点。