主要有以下原因：

1、 微波加热对被加热食品的包装材料或容器有特殊要求，尤其是由金属复合膜包装的袋装牛奶是不能用微波加热的，纸包袋装牛奶中有一层铝箔，属于金属。

2、 微波加热也不适合加热包装密闭的食品，纸包牛奶在微波加热后包装袋容易膨胀甚至破裂，可能会发生爆炸或者烫伤。

3、 将袋装牛奶带袋直接放入微波炉高温加热是有害的，现在的袋装牛奶奶膜其成分主要是聚乙烯，其在115摄氏度就会发生分解和变化。此时奶膜原来的性能发生改变，可能就会对人体健康产生影响。