宣慰司和宣政院的区别如下：

宣慰司是军事机构，特务机构，情报机构；

宣政院是行政机构，宗教机构。

宣慰司是介于省与州之间的一种偏重于军事的监司机构，一般掌管军民之事，它是中央机构。宣慰司长官官称"宣慰使"，是负有承上启下的一个地方区划的军政最高长官。

宣政院印章宣政院是元朝掌管全国佛教事宜和藏族地区军政事务的中央机关，由帝师兼领。忽必烈始置总制院，后改为宣政院。从此，西藏地区正式成为我国中央政府直接管辖的一个地方行政区域。