巫姓主要有三大起源，一是源自上古医药始祖，黄帝时期有一位宰相叫做巫彭，他非常精通医术，被奉为医神，子孙就传承了巫姓。二是源自鲁国贵族叔肸，叔肸的曾孙叫做公巫召伯，他的子孙以祖先号为姓。三是源自官职名，商朝设有官位叫做“巫咸”，子孙以祖先官为姓。

1、源自巫彭

巫姓最早可以追溯到上古时期，黄帝手下有一位非常善于施行草药医术的宰相，他就叫做巫彭，根据《姓氏考略》记载可知，巫彭首创了中草药，他使用动物喂食草药治病救人，甚至被轩辕氏奉为医神，后来还被黄帝封为医相，而他的子孙也就以祖先名号为姓了，从而形成了巫姓氏族。

2、源自叔肸

巫姓还有另一个姓氏则源自鲁国鲁文公的儿子叔肸，叔肸的曾孙就叫做公巫召伯，伯是指一个爵位，而公巫则是他的姓，最终公巫召伯的子孙也就跟随着祖先以“公巫氏”为姓，后来便简化为巫姓或者召姓等，从而传承至今。

3、源自官职名

巫姓还有部分族人则源自官职名，在商朝时期，设置了一种专门掌管占卜的官职叫做巫祝，这都是源自一位叫做巫咸的商朝大臣，他是非常初名的占星师，就是他发明了现在的鼓，并且也是首次使用筮占卜的人，而“巫”本身就是指召威神灵的职业，从而官吏“巫祝”的后人也就以祖先的官为姓了，形成了巫臣氏，后来简化为巫姓。