有学者论证，是因为当时自然灾害，在建中都的岁月里，淮河确实发生过大的水灾，大水漫过凤阳境内入淮的最大支流河濠河大堤，但这样的自然灾害在古代极易发生，一两次洪水能让一个开国君主打消念头，其中，透过相关文史资料看，是因为明代立朝五六年后，朱元璋身边的许多功臣都是江淮同乡，有些人居功自傲，常有违法乱纪之事，且在朝中结党营私，朱元璋对臣下结党之事十分警惕，他担心建都凤阳后，会助长江淮集团的势力。

后来在大臣们的提一下，朱元璋开始修建南京城墙和皇宫，这中间，周庄富翁沈万三，助筑都城三分之一，即现今南京城墙的中华门到水西门一段，到朱元璋晚年，建在燕雀湖上的皇宫出现地基下沉的现象，对于迷信风水的朱元璋来说，这是一种不祥之兆，因此又动了重新定都的念头，1391年，朱元璋派太子朱标巡视关中寻找都城之地，太子朱标个人比较倾向于选择西安为国都，可是第二年，朱标病逝，年近七十的朱元璋受到痛失爱子的沉重的打击。