二者主原料不同：

含乳饮料：是指以鲜乳或乳制品为主要原料，经调配、均质、灌装、杀菌（或杀菌、灌装）等工序加工而成的饮料，包括配制型含乳饮料、发酵型含乳饮料、乳酸菌饮料。

复合蛋白饮料：是以乳或乳制品和不同的植物蛋白为主要原料，经加工（可经乳酸菌发酵）调配而制得的饮料。

两者的区别在于：前者仅含动物蛋白（即鲜乳或乳制品），而后者同时含有动物蛋白和植物蛋白。