原因有以下两点：

1、木瓜太生，木瓜成熟之后果肉柔软，很容易就会碰伤，很不适合运输，因此，果农在采摘木瓜都是生采，并没有等到木瓜成熟，这时候的木瓜都是青色，这种木瓜买回去之后需要经过催熟，或者做菜吃，直接食用是有苦味，属于正常现象；

2、木瓜没有清洗干净，木瓜至能吃木瓜的果肉，食用之前需要去掉其外皮和里面的木瓜籽，再清洗干净便可食用，若是果皮去得太薄，靠近外皮的果肉会带有苦味，因为木瓜果皮中含有苦味成分，并且木瓜籽也带有苦味。