绝大多数生物的起始密码子都是AUG，作为多肽链合成的起始信号，同时编码一种氨基酸，原核生物的起始密码子AUG翻译对应的是甲酰甲硫氨酸，真核生物的起始密码子AUG翻译对应的是甲硫氨酸。某些原核生物也以GUG和UUG为起始密码子。

原核生物的翻译要靠核糖体30S亚基识别mRNA上的起始密码子AUG，以此决定它的可译框架，AUG的识别由fMet-tRNA中含有的碱基配对信息来完成。