在入射电子束作用下被轰击出来并离开样品表面的样品原子的核外电子叫做二次电子。二次电子一般都是在表层5至10nm深度范围内发射出来的，它对样品的表面形貌十分敏感，因此，能非常有效的显示样品的表面形貌。二次电子的能量较低，一般不超过50eV。大多数二次电子只带有几个电子伏的能量。