土木工程专业属于南京工程学院的建筑工程学院分管，下设建筑工程，交通土建和建筑工程管理三个专业方向，三个专业方向的基础课程一样，专业课程略有不同，建筑工程专业毕业后主要从事公用民用建筑建设，交通土建专业毕业后主要从事道路、桥梁以及隧道的施工，建筑工程管理则偏重于工程项目管理上。但并不绝对，每年毕业生找工作时也会有交叉。土木工程专业的基础课程有：高等数学，线性代数、概率论与数理统计、大学英语、大学物理、大学体育、大学计算机基础、程序设计语言-C、思修、毛概、马哲等。专业课程有：理论力学、材料力学、结构力学、土木工程制图、CAD制图、钢结构设计原理、桥梁工程、路基路面工程、房屋建筑学、土力学等。