浮游藻类与水生高等植物共同组成湖泊中的初级生产者，在某些缺少水生高等植物的湖泊中，它则是唯一的初级生产者，而且是维持湖泊中一些动物和微生物食物的主要来源和基础。湖泊中浮游藻类包括蓝藻门、隐藻门、甲藻门、黄藻门、金藻门、硅藻门、裸藻门和绿藻门等种类，其中尤以蓝藻、硅藻和绿藻门的种类为最多。