办理公有住房使用权证流程是：

1、确认是否为合法承租人。持房屋使用权上市交易一方当事人应当是公有住房合法承租人。

2、签订协议。房屋使用权交易，当事人双方应当签订书面协议。

3、办理转租手续。协议签订后，当事人双方持相关材料到房屋所在地直管公房经营管理单位办理房屋使用权互换、转让、转租手续。当事人因故不能亲自办理相关手续的，可以委托他人代为办理。受委托人应当提交当事人出具的授权委托书。以房屋使用权交换住房产权，当事人双方须按规定到房地产行政主管部门办理交易及产权变更登记手续。

4、领取公有住房使用权证。公房承租人须结清房屋租金和其他与该房屋有关的应由承租人交纳的各项费用，公有住房使用证是由产权单位发放的，证明持证人拥有合法使用权的一种权利证书。