清华大学，诞生于1911年，依托美国退还的部分”庚子赔款“建立，因坐落于北京西北郊的清华园而得名。1925年设立大学部，1928年更名”国立清华大学“。1937年抗战爆发后，南迁长沙，与北大、南开大学联合组建”国立长沙临时大学“，1938年迁至昆明，改名”国立西南联合大学“，1946年迁回北京清华园，1952年，全国高校院系调整后，清华大学成为一所多科性工业大学。

南京大学，创办于1902年，其前身是三江师范学堂。1949年，”国立中央大学“易名”国立南京大学“，翌年径称”南京大学“。南京大学以”加强应用、注重基础、发展边缘、促进联合“为方针，以”基础研究面向国际学术前沿、应用研究面向国家战略需求和国民经济建设主战场、致力于解决关系国计民生的重大理论和现实问题“为指导思想，调整科研布局，加强科研组织，全力推进科学研究工作。

综合上述信息，两所院校都好。