微生物在碳循环中扮演分解者的角色，能加快碳循环的速度，有利于碳循环的快速进行，能将动植物遗体分解，并转化成二氧化碳释放到空气中或者转化成碳酸盐释放到土壤中被植物利用。

腐生类微生物在生态系统中的地位是分解者，作用是使动植物遗体中的有机物分解，供给绿色植物再利用。