在连云港办理港澳通行证的流程如下：

1、首次办理须本人至户籍所在地的出入境管理处提交申请；

2、申请材料有：居民身份证及复印件，以及填写《中国公民出入境证件申请表》；

3、2张2寸的淡底色彩照，同时分别申请赴香港、澳门的签注。只去香港则申请香港签注，只去澳门则申请澳门签注，如果香港、澳门都去，则两地签注都要申请；

4、上述过程完成后，等待约10个工作日即可发放。