清沿袭明制，大致分省、府、县三级，总督、巡抚为掌握行政、军事、监察大权的高级地方官员，布政、按察两使为督、抚的属官。与督、抚平行的有驻防将军和提督学政，不过驻防将军只管八旗驻军；提督学政只管学校与科举考试，其权力不能与督、抚相比。

省以下有道的设置，道为监察区性质，不算正式行政区。道主要有分守道和分巡道两种，兼兵备衔，另有一些不属布政、按察二司的道，如海关道、管河道、督粮道、盐法道等。省以下为府，设知府、同知、通判等官，与府平行的有直隶厅，设同知、通判。府以下为县，设知县、县丞、主簿等官，与县平行的为散厅，设置同直隶厅。

在少数民族地区则设专门机构管理，即土司，一般分为两种：一种由军事部门管辖，如宣慰司、宣抚司、安抚司、招讨司、长官司等，长官为宣慰使、宣抚使、安抚使等；另一种是由行政部门管辖，也设府、县等，官员称土知府、土知县，通常由少数民族头人担任。