农业土地使用权作价入股的登记流程是：

1、注册资本中以土地使用权出资的，公司章程应当就土地使用权出资事宜做出规定。

2、其次，委托具有相关资质的评估公司评估土地使用权的价值。评估之后，才有可能确定自己的股份大小。

3、接着，要将土地使用权过户登记于公司的名下。

4、而且要注意非货币财产的比例问题。

【法律依据】

《公司法》第二十七条规定：“对作为出资的非货币财产应当评估作价，核实财产，不得高估或者低估作价。法律、行政法规对评估作价有规定的，从其规定”。