京港地铁和北京地铁的区别是它们是两家不同的公司，北京市地铁运营有限公司其前身为北京市地下铁道总公司，京港地铁有限公司（简称京港地铁）是一个致力于地铁建设、运营、管理的专业化公司。

京港地铁公司是在北京市加大基础设施投资体制改革力度的历史条件下，由北京市基础设施投资有限公司、北京首都创业集团有限公司和香港地铁有限公司共同出资组建。