分别为南京晓庄学院方山校区和南京晓庄学院莫愁校区。

南京晓庄学院方山校区，位于南京市江宁区弘景大道3601号，占地面积1500亩，学校共设有普高本科专业46个，涵盖经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、管理学、艺术学等九大学科门类，全日制在籍学生15700余人。

南京晓庄学院莫愁校区，位于南京市建邺区北圩路41号，学校”行知园”由江泽民同志亲笔题名，园内的陶行知纪念馆珍藏有陶行知先生的纪念文物， 园内的陶行知墓是江苏省重点保护文物。