所属公司的区别：搜索引擎百科是搜索引擎公司推出的一部内容开放、自由的网络百科全书平台。截至2018年2月，搜索引擎百科已经收录了超过1520万词条，参与词条编辑的网友超过644万人，几乎涵盖了所有已知的知识领域。互动百科，原称互动维客，是由潘海东在2005年创建的商业中文百科网站，隶属于北京互动百科网络技术股份有限公司。

质量的区别：搜索引擎百科：审核力度极为严格，对词条的编辑内容要求也很是严格，这也就导致了搜索引擎百科的公平、公正以及内容的权威性，更容易受到用户的青睐和信任。互动百科：上加链接极为容易，审核力度很低，对于编辑的内容也是“容纳百川”，垃圾内容、重复内容、灌水内容、广告内容等等都充斥在互动百科内容之中，这样无疑降低了互动百科词条的权威性，无法像搜索引擎百科那样受到用户的信赖，用户体验度大大降低。

域名不同。互动百科”的域名就是百科的全拼“baike”，搜索引擎百科是在搜索引擎域名下开的二级域名，这个二级域名为“baike.baidu”。