方法一：若为单个肾囊肿，且无临床症状，不影响肾功能时可不给予特殊治疗处理，可以定期进行腹部肾脏B超复查。当出现临床症状且影响到肾功能时，可以选择外科肾囊肿手术治疗。

方法二：多囊肾病并无特别的治疗法。如果在囊肿早期就被发觉，并从此接受定期检查或医疗检查，医生也许能够以治疗慢性肾衰竭的同样方法，延缓肾脏的进行性损害。

方法三：肿物较大且有恶变可能时，可以进行手术探查，如果证实为良性囊肿，可将肾表面的囊壁切除，边缘用肠线与肾实质连续缝合，残留囊壁涂以碘酊。一侧肾实质广泛破坏，对侧肾功能正常者，可行肾切除术。