网上办理港澳通行证的流程：

1、登录出入境网站按提示要求填写好相应内容；

2、在申请的第四个工作日后可登录网站查询申请是否已受理；

3、申请受理后申请人可以在第十个工作日后凭有效的港澳通行证、身份证、申请回执编号到市公安局出入境管理处领取签注。

领取或使用港澳通行证的注意事项：

1、若是直系亲属代领必须出示相关证明，如结婚证、户口本等；

2、若网上申请获得审批通过，并制作签注，不管申请人是否领取或使用，都必须按规定缴纳费用；

3、公安出入境部门将对拒不缴费的人记录在案，申请人再次申请时，公安出入境部门将会视情况给予相应的处理或处罚；

4、往来香港或澳门一次有效签注每件20元，二次有效签注每件40元。