1、南京大学物理系，南京大学物理系是我国基础研究的国家队和高端物理学人才培养的重要基地，重组后的南京大学物理学院以原物理系为主，增加了生物物理与软物质等相关学科，将进一步在“量子调控”“纳米科技”“光伏电池”等专项领域和新兴产业发展方向发挥重要作用；

2、南京大学文学系，该院中国语言文学学科是首批一级国家重点学科、首批国家文科基础学科人才培养和科学研究基地，拥有一级学科博士学位授予权、博士后流动站；

3、南京大学哲学系，在研究生培养方面，各专业均以“建设一流学科、培养一流人才