额济纳旗位于内蒙古自治区最西端，东南与阿拉善右旗相连，西和西南与甘肃省毗邻，北与蒙古国接壤，边境线长507公里。全旗总面积11.46万平方公里，占全盟总面积的42%，辖3个镇、6个苏木、2个街道办、21个嘎查、7个社区。

额济纳旗是内蒙古自治区面积最大、人口最少的旗。东风航天城（酒泉卫星发射中心）位于额济纳旗境内，是我国导弹、卫星、载人飞船的发祥地，被誉为“中国航天第一港”。额济纳旗地形由西南向东北逐渐倾斜，呈四周高，中间低平状，海拔高度在898米-1598米之间。地貌主要由戈壁、低山、沙漠、河流、湖泊和绿洲等构成。