耕地建厂房的合法化方式是，根据《土地管理法》第四十三条，个人可以因兴办乡镇企业申请用地用于建设厂房等建筑物，但所选地必须符合有关土地利用总体规划和当地城镇总体规划，拟建项目必须符合国家和当地产业政策。

申请用地必须在国土部门办理农用地转用等建设用地审批手续，必须在规划部门办理选址、规划许可等审批手续，带项目申请用地还须到发改部门办理立项相关手续，到环保部门办理环评审批等相关手续。