企业如果实际有多缴纳税金，是可以正常进行退税申请的，退回的税款，会退回到企业的对公账户中，不过在实操中，很多时候，申请退税都会导致查账等税务核查行为，所以一般情况下，除非是出口企业，很多企业都不会去申请退税，要么放弃退税，要么在平时都做好计划，尽量做到不用退税。