1、内涵不同：行政单位是国家机关，而机关单位是实施政府某项公益服务的部门，是社会服务组织。

2、担负的职责不同：行政单位是负责对国家各项行政事务进行组织、管理和指挥；而机关单位是为了社会的公益目的从事教育、文化、卫生、科技等活动。

机关单位：

机关单位指国家机关，指从事国家管理和行使国家权力的机关。包括国家元首、权力机关、行政机关、审判机关、公安机关、检察机关和军事机关。所谓国家机关，是指国家为行使其职能而设立的各种机构是专司国家权力和国家管理职能的组织。包括中央和地方各级组织。从国家学说上讲，国家机关，即国家政权机关，它包括各级权力机关、行政机关、审判机关、检察机关和军队中的各级机关。在我国，中国共产党是执政党，宪法明文确定了共产党在国家事务中居于领导一切的地位。因此，从广义上讲，中国共产党的各级机关应纳入国家机关的范围。