1、分子筛效应是当含有多种分子成分的样品溶液缓慢地流经凝胶色谱柱时，各分子在柱内同时进行着两种不同的运动，垂直向下的移动和无定向的扩散运动。大分子物质由于直径较大，不易进入凝胶颗粒的微孔中，而分布于颗粒之间，在洗脱时移动的速度较快。

2、小分子物质除了可在凝胶颗粒间隙中扩散外，还可以进入凝胶颗粒的微孔中，即进入凝胶相内，在向下移动的过程中，从一个凝胶内扩散到颗粒间隙后再进入另一凝胶颗粒，如此不断地进入和扩散，因此，小分子物质的下移速度要落后于大分子物质，从而使样品中分子大的先流出色谱柱，中等分子的后流出，分子最小的最后流出，这种现象叫分子筛效应。