南京九华山位于南京城东，是钟山余脉西走入城的第一山丘。北隔明城墙，毗邻玄武湖，临湖一侧陡峻如削，像一只倾覆的行船，故而古时称作覆舟山。

九华山地处闹市，却恬然幽静，人称“城市山林”，曾是皇家园林乐游苑；山中有寺、山顶有塔、山畔有湖、山下有城，有金陵四十八景之一的“九华丹青”美名。

据记载，宋朝金陵天禧寺和尚可政法师，从陕西得到了唐玄奘的顶骨，迎回金陵后，在天禧寺东岗建石塔，归瘗顶骨。太平天国时，三藏塔毁于战火，玄奘灵骨也下落不明。抗战时期，侵华日军在旧址上发掘出藏有玄奘顶骨的石函。这一发现轰动佛教界。日本人欲据为己有，激起极大民愤。后经汪伪政府再三恳商，终于，唐僧一半顶骨保留下来，并在九华山新修三藏塔用于安放。日本投降后，另一半顶骨也得以保留，解放后收藏在灵谷寺玄奘法师纪念堂内。塔基青石上还刻有唐代高僧玄奘画像和西行取经的线路。