菌落计数方法有计数器测定法、电子计数器计数法、活细胞计数法、比浊法、测定细胞重量法、测定细胞总氮量或总碳量、颜色改变单位法（colourchangeunit,简称CCU）。

菌落计数器由计数器、探笔、计数池等部分组成，计数器采用CMOS集成电路精心设计，LED数码管显示，字高13mm，清晰明亮，配合专用探笔，计数灵敏，菌落对比清楚。便于观察。