独立院校和普通本科的区别有：独立学院是指实施本科以上学历教育的普通高等学校，与国家机构以外的社会组织或者个人合作，利用非国家财政性经费举办，以实施本科学历教育为主的高等学校，而普通本科是指高考时提前批，一本、二本、三本录取的本科，还有其他形式可以获得的本科学历，如成人自考与助学班等。

独立学院是民办高等教育的重要组成部分，属于公益性事业，依法享有民办教育促进法、民办教育促进法实施条例规定的各项奖励与扶持政策。国务院教育行政部门负责全国独立学院的统筹规划、综合协调和宏观管理。省、自治区、直辖市人民政府教育行政部门主管本行政区域内的独立学院工作，依法履行职责。截至2019年6月15日，全国普通高等学校2688所，其中独立学院257所。而普通高等学校招生录取批次合并体现了国家改革的总体方向。