方法一：一般治疗。帮助患儿的家长认识、理解病情，指导其改善患儿生活方式，调整饮食结构和习惯，去除与症状相关的可能发病因素，提高缓解症状的能力，非药物治疗包括认知治疗、调节饮食及改变排便习惯等，失眠、焦虑、抑郁等精神因素是儿童FD的一个重要病因，而儿童对反复的腹痛、腹胀等上腹部不适症状的耐受性差，这些症状可能反过来促发和加重患儿的精神症状，近几年，小儿身上在出现了消化不良的症状后，认知行为疗法，在对该病的治疗上最常被人们采用。

方法二：药物治疗。根据患儿的临床表现及其与进餐的关系，可选用促动力药、抗酸药和抑酸药，一般疗程2～4周。具体选药原则详见儿童FD的诊治流程，治疗无效者可适当延长疗程，并可进一步检查，明确诊断后再进行治疗，有Hp感染者，需行Hp的根除治疗。

方法三：中药治疗。是功能性胃肠病的一种重要治疗方法。中药的作用机制并不完全清楚。但有证据显示，它们即使在很低的浓度下也可以通过味觉系统、迷走神经以及肠道神经系统刺激胃及消化腺的分泌，并通过肠道神经系统加强了消化道对中枢神经系统的反馈刺激，从而使肠道功能增强，较大剂量的中药甚至可以直接影响胃肠黏膜。中草药常含有芳香油类，而芳香油类有解痉、通气导泻及局部止痛的功能，近年来多个关于中草药制剂(如香菜油、薄荷油、姜以及姜黄提取物等)的对照研究表明，中草药对功能性胃肠疾病的治疗效果优于安慰剂，而与促胃肠动力药的效果相同。