海洋生态系统包括浅海生态系统，深海生态系统，大洋生态系统。

1、浅海生态系统：水深6至200米的大陆架范围。世界主要经济渔场几乎都位于大陆架和大陆架附近，这里具有丰富多样的鱼类。陆架区的许多海洋现象都具有显著的季节性变化，潮汐、波浪、海流的作用都比较强烈。

2、深海生态系统：水深2000到6000米。环境条件稳定，无光，温度在零到四度。海水化学组成比较稳定，底土是软相粘泥，压力很大，因为深海中没有进行光合作用的植物，食物条件苛刻，全靠上层的食物颗粒下沉。

3、大洋生态系统：

大洋面积大，水环境一致，惟有水温变化，暖流与寒流的分布。大洋缺乏动物隐蔽场所，大洋动物一般有明显的保护色。