1、本质不同

有机酸是有机物，无机酸是无机物。

2、作用不同

有机酸很多用来做成有机酯，或缩聚成高分子；而无机酸则通常被用作来提供氢离子。

3、酸性大小不同

多数有机酸的酸性较弱，而无机酸酸性较强（如盐酸，硫酸，硝酸）。

有机酸和无机酸的联系：都可以解离或水解出氢离子，都具有酸性。

有机酸价值：

一般认为脂肪族有机酸无特殊生物活性，但有些有机酸如酒石酸、枸椽酸作药用。又报告认为苹果酸、枸椽酸、酒石酸、抗坏血酸等综合作用于中枢神经。

有些特殊的酸是某些中草药的有效成分，如土槿皮中的土槿皮酸有抗真菌作用。咖啡酸的衍生物有一定的生物活性，如绿原酸为许多中草药的有效成分。

有机酸特点：

有机酸多溶于水或乙醇呈显著的酸性反应，难溶于其他有机溶剂。有挥发性或无。在有机酸的水溶液中加入氯化钙或醋酸铅或氢氧化钡溶液时，能生成不溶于水的钙盐、铅盐或钡盐的沉淀。如需自中草药提取液中除去有机酸常可用这些方法。