土地使用权证办理程序是：

1、申请登记；

2、由国土资源局派人到实地调查，全面核实土地登记申请的内容，计算宗地面积，绘制宗地图；

3、由国土资源局专职人员对申请登记的土地权属性质、用途权属来源、宗地面积等进行审核；

4、注册登记；

5、颁发土地证书。

【法律依据】

根据《土地管理法》第五条，国务院土地行政主管部门统一负责全国土地的管理和监督工作。

县级以上地方人民政府土地行政主管部门的设置及其职责，由省、自治区、直辖市人民政府根据国务院有关规定确定。