司法机关是行使司法权的国家机关，是国家机构的基本组成部分，是依法成立的行使相关国家职权的司法组织。包括法院、检察院及有关功能部门。

在中国，司法机关指人民法院、人民检察院两大类。另外，公安机关可以被认为是司法机关的一部分，在行使行政职能时则不属于司法机关；国家安全机关、监狱侦查部门、军队保卫部门等其他负有刑事侦查权的机关在进行刑事诉讼的过程中其角色同公安机关。