环境工程专业是在原水文地质学与工程地质学专业基础上创办发展起来的。1996年招收环境科学专业本科生，2001年招收环境工程专业本科生，2004年获得“环境工程”硕士学位授予权，2006年申请到工程硕士专业学位点。经过多年的发展，逐渐形成了具有专业特色和明显地域特色的实践教学环节，即包含西北干旱区内陆石羊河流域的水环境问题、植物生态系统、戈壁、沙漠生态环境问题;沙漠绿洲的形成演化及其环境效应；干旱区矿山开采引起的环境问题及工业城市环境问题；生态环境保护措施、土地荒漠化及污染土地治理技术以及工业“三废”污染防治技术等具有明显西北干旱区地域特色的野外实践教育环节。