1393年9月仙逝于平越福泉山，享年88岁。

明太祖朱元璋定都金陵时，曾召见沈万三，命他献上白金千锭，黄金百斤。修筑南京外城时，当时正值府库匮乏，沈万三依恃他的富实，表示愿与朝廷对半而筑，工程同时开工后，结果沈万三先皇帝完工而惹朱帝不高兴。沈万三还不识趣，又申请犒赏全国军队每人银子一两，总共近百万两。于是使得心胸狭窄、出身穷苦的朱元璋由妒而恨：“匹夫犒天子之军，乱民也，宜诛之”，由恨而萌杀机。

朱元璋下令收他重税每亩九斗三升。随后就借口沈万三修筑苏州街道，以茅山石为街石，有谋反心，派兵包围他家，要杀他。经马皇后苦苦劝谏，才改将他在明洪武六年流放到云南，家产充公。