华南热带农业大学是与中国热带农业科学院紧密结合在一起的以热带农业科研、教学、开发为主攻方向的高校，是我国唯一一所科学院与大学结合、热带特色鲜明，融农、工、理、管、文、法等于一体的综合性农业高校。

1954年，于广州沙面成立了华南特种林业研究所，在此基础上于1958年成立了华南亚热带作物科学研究所和华南热带作物学院。1965年，华南亚热带作物科学研究所更名为“华南热带作物科学研究院”，1994年更名为现在的“中国热带农业科学院”。1996年，华南热带作物学院更名为“华南热带农业大学”。因两者的紧密联系，故两者简称为“热农院校”或“两院”。

大学从2000年起由农业部部属高等农业院校转变为中央与地方共建、以海南省为主的管理体制。学校坐落于充满热带风光、风情独特的海南省，包括儋州校区和海口校区，实习试验基地土地总面积达6万多亩。