东南大学医学院位于风景秀丽的南京市玄武湖畔，高校群集的市中心。医学院前身为创建于1935年的中央大学医学院，其后又历经南京大学医学院、中国人民解放军第五军医大学、南京铁道医学院等重要时期。

2012年，该院获批为全国第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校，承担了拔尖创新医学人才培养模式改革试点和五年制临床医学人才培养模式改革试点两个项目。

根据2015年8月学院官网显示，该院设有20个学系，15个研究中心或研究所，和3个省部级重点实验室，高水平临床教学基地10余家。