民间借贷纠纷撤诉后法院不会留案底。案底一般是指某人过去犯罪行为的记录。又称犯罪人员犯罪记录制度，而民间借贷纠纷属于民事纠纷，不涉及刑事问题，所以撤诉后自然不会留有案底。

【法律依据】

《民事诉讼法》第145条，宣判前，原告申请撤诉的，是否准许，由人民法院裁定。人民法院裁定不准许撤诉的，原告经传票传唤，无正当理由拒不到庭的，可以缺席判决。