碱基决定氨基酸是因为负责转录的RNA的一端是三个碱基，而碱基只有配对才可以通过氢键紧密结合在一起。RNA的另一端则携带一个对应其三个碱基的氨基酸。碱基对是一对相互匹配的碱基（即A：T，G：C，A：U相互作用）被氢键连接起来。然而，它常被用来衡量DNA和RNA的长度（尽管RNA是单链）。