1、原生玛瑙是由岩浆的残余热液形成的。这种热液充填在火山岩如玄武岩、流纹岩的空隙中，因空隙的形状不同，或成玛瑙球，或成玛瑙脉。

2、经过自然力的作用，原生玛瑙脱落而出，再经过山洪冲击，流水搬运，磨成卵石。这就是我们所见到的在砾石层中的雨花玛瑙石。雨花石以其纹奇、色艳的自然美著称于世。它的圈状花纹是二氧化硅胶液围绕火山岩空隙、空腔，由内壁开始，从外向内多层次逐层沉淀而成。在其生长过程中，常常发生带色离子和化合物的周期扩散。