1、两者的特点不同：

（1）水果玉米的特点：植株较矮，分蘖力较强；果穗苞叶上有旗叶。子粒淡黄或白色，胚较大，乳熟期子实柔嫩、富含水溶性多糖、维生素A、维生素C、脂肪和蛋白质等。

（2）普通玉米的特点：栽培技术简单、周期短，具有较高的经济价值、营养价值和加工价值，深受玉米产业者的欢迎。

2、两者的起源不同：

（1）水果玉米的起源：水果玉米起源于前哥伦比亚时期的中美洲和南美洲。

（2）普通玉米的起源：中国是普通糯玉米的世界起源中心，栽培历史悠久。