广州南站主要结构部分共分为四层：

1、第一层为地下4、5米深的停车层，共117465平方米，停车位达1808个。

2、第二层为地面交通层，面积为117828平方米。为综合交通功能层，武广、南广、贵广等长途列车和广珠、广深港等城际列车旅客出站后可在此换乘其他交通。

3、第三层为12米高的站台层，面积共4854平方米。

4、第四层为21米高的高架候车层，面积达85286平方米。是长途旅客候车的区域。